В соответствии с частью 1 статьи 34 Закона № 44-ФЗ контракт заключается на условиях, предусмотренных извещением об осуществлении закупки или приглашением принять участие в определении поставщика (подрядчика, исполнителя), документацией о закупке, заявкой, окончательным предложением участника закупки, с которым заключается контракт.

 При этом согласно части 2 статьи 34 Закона № 44-ФЗ при заключении контракта указывается, что цена контракта является твердой и определяется на весь срок исполнения контракта, а в случаях, установленных Правительством Российской Федерации, указываются ориентировочное значение цены контракта либо формула цены и максимальное значение цены контракта, установленные заказчиком в документации о закупке. При заключении и исполнении контракта изменение его условий не допускается, за исключением случаев, предусмотренных указанной статьей и статьей 95 Закона № 44-ФЗ.

 Вместе с тем сведения о применяемой участниками закупок системе налогообложения не включены в перечень документов и сведений, которые участники закупок должны представлять в составе заявки на участие в закупке.

 Законом N 44-ФЗ не определен порядок действий заказчика, в случае если победитель конкурентной процедуры использует или переходит на упрощенную систему налогообложения.

То есть, на этапе заключения контракта, заказчик не имеет права исключить НДС из цены предложенной участником закупки.

 Исходя из вышеизложенного, Законодательство о контрактной системе предусматривает равные условия участия в конкурентных способах определения поставщиков (подрядчиков, исполнителей) участникам закупок вне зависимости от их организационно-правовой формы и системы налогообложения.

Так что любой участник закупки, в т.ч. который освобожден от уплаты НДС и применяет "упрощенку", вправе участвовать в закупках.
Контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене победителя закупок вне зависимости от применения системы налогообложения у победителя.